一天晚上，拉贝在柏林豪华的电影院给贵宾们做报告，他激动地诉说自己亲身经历的1937年南京大屠杀，并出示大量图片，证明日本军队对中国人犯下了残无人道的暴行。听报告的绅士与太太们非常震惊，他们从来不知道南京发生过一场恐怖屠杀，拉贝的报告在柏林引起了强烈震撼。就在这天晚上，拉贝在自己家中突遭盖世太保逮捕。拉贝不明白自己有何罪过，因为他曾经在南京拯救过十几万南京人的性命，获得过中国政府的勋章，还给希特勒写过信，希望元首制止盟国日本的野蛮屠杀……然而盖世太保给他三条严厉命令：1、南京没有发生过任何屠杀；2、你没有救过任何南京人；3、不准在任何场事下谈论关于南京的任何事情；拉贝被迫接受这些命令。当他出狱回到西门子公司的办公室时，却发现他已经失业了。这天深夜，拉贝在家中翻出一副破旧的南京地图，回忆1937年冬天的遭遇。

    南京就要被日本军攻破了，城里的富人都准备逃离，而身为西门子公司代表的拉贝却匆匆回到南京。他认为战争是巨大商机，公司正可趁此时将产品卖给南京政府。他向员工们许诺：公司将保护他们的安全。

    宋美龄宴请城里的欧美洋人，她保证南京不会失守，但又请求洋人们在破城之后救护难民。洋人当即组织了"国际安全委员会"，并推选拉贝任主席。拉贝戳穿他们的用意：日本仇恨英美，却和德国是盟友，而自己又是纳粹，宋美龄和洋人想利用自己特殊身份。但拉贝还是很高兴地就任这光荣的职位，他要求南京政府让安全区保持中立，无论日本军人还是中国军人，都不准进入南京安全区。

    出乎拉贝意料，不但日本方面拒绝了国际委员会的要求，就连中国军人也不相信"安全区"能带来安全。守军上校黄建国把阵地安置在安全区内抗击日军，拉贝向他抗议，"如果你们自己都不尊重安全区的话，怎么能指望你们的敌人尊重安全区呢？"黄建国却告诉他，"日军能向安全区轰炸，我们就能在安全区里反击。这国家是我们的国家，这战争是我们的战争，你们洋人钻到安全区呆着吧！"拉贝痛苦地感到：这些黄种人虽然互为死敌，有一点却很一致，那就是不信任洋人。拉贝仍然坚定地设立起国际安全区，他固执地相信：在20世纪的今天，任何人都不敢在光天化日下杀害手无寸铁的平民。

    日本军破城的当天夜里，拉贝胸前挂满勋章去找日本人交涉。在路上遇见黄建国等中国守军。黄建国请求拉贝让他们进入安全区避难。拉贝不同意，因为安全区是中立区，他们会将灾难带进安全区。拉贝把他们带进西门子公司仓库，说自己能保证他们的安全。黄建国却只身离去，他要抵抗到底。拉贝遇见了刚进城的日本大使田中，他以国际委员会主席的名义，要求日本方面保证中国难民的安全。但拉贝亲眼看见，日本军人正在疯狂地屠杀南京平民，在仓库藏身的上百名中国军人也尽遭杀害。这时拉贝才意识到自己完全错了：战争中没有人道，安全区没有安全。

    田中向拉贝建议：只有同日本军人合作才能少死人。拉贝不得已，派助手韩林带着工人们去修自来水厂，以供给南京难民的饮水并与占领军妥协。但是，工人们却被日本军人当做抵抗者砍掉了头颅……

    死者的亲人们向拉贝要儿子，占领军逼迫拉贝再派工人，安全区断水断粮……拉贝彻底绝望了，甚至觉得自己"活着就是一种罪恶！"在日本占领军的新年音乐会上，日军总司令松井佯做姿态地向拉贝表示慰问，拉贝冷冷地回答他，"我刚从城外回来，看见一条狗在挑死孩子吃，您知道为什么吗？因为孩子肉嫩，连野狗都开始挑肥拣瘦了！"

    安全区被占领军强令撤销，拉贝等洋人都被驱逐出南京。

    1945年，柏林被盟军攻克，拉贝因是纳粹党员被再次逮捕审判，他申诉自己没有犯过任何罪行，却拯救过无数南京难民。但他的申诉受到法官的嘲笑。

    拉贝再度释放出狱时，陷入饥寒交迫中。这时他突然收到万里之外邮来的食品包裹。南京人没有忘记他，这些食品救了他全家的命。

    第二次世界大战结束了，南京政府官员请他为东京大审判做证，指控南京大屠杀中的罪犯。拉贝却对人生绝望了，说"我是一个纳粹，我没有脸看任何人被吊死。"

    1997年，尘封60年的《拉贝日记》解禁面世。同时，他的墓碑也从柏林运到南京，与30万死难者安葬在一起。

    本片以拉贝日记为线索，以无数史实为依据，同时展开两方面故事场景：一方面真实地再现南京大屠杀中种种骇人听闻的暴行，以及南京难民们在绝境中的生存与反抗；另方面追寻拉贝本人的生命历程，细腻入微地展示他在南京与柏林各种遭遇，从而深刻地表现了战争对于人类的惨痛摧残。